Через свой отдел переходных инициатив (англ. ― OTI) агентство финансирует подрывные операции, например, ZunZuneo против правительства Кубы, о которых не оповещается даже Конгресс США (
в 2009 году отчет Конгресса упомянул, что работа OTI часто приводит к политическим последствиям, которые могут породить дипломатические неприятности). Расходы на эти цели маскируются в других статьях бюджета — так, финансирование ZunZuneo оформлялось, как расходы на проект в Пакистане.
После того, как статьи о ZunZuneo появились в газетах, некоторые конгрессмены отреагировали отрицательно. Патрик Лехи сказал, «секретная операция для смены правительства не должна проводиться через USAID».
Очередной скандал
в конце 2014 года был связан с попыткой создания молодежного антиправительственного движения на Кубе с использованием кубинских рэперов, которые и не подозревали, что работают на США. Операция использовала сербских подрядчиков, нанятых через Creative Associates International в Вашингтоне. Финансирование проводилось через подставную компанию в Панаме и банк в Лихтенштейне. Сложность схемы привела к тому, что Казначейство США заблокировало банковские операции, сочтя их попыткой подорвать кубинское эмбарго.
В 2016 году представители WikiLeaks заявили, что скандал, разгоревшийся вокруг публикации «панамских архивов» юридической компании Mossack Fonseca, организовал американский Центр по исследованию коррупции и организованной преступности (OCCRP) на деньги американского правительства и
фондов Джорджа Сороса.