В 2000 году Нурсултан Назарбаев дал поручение о передаче уголовно-исполнительной системы из Министерства внутренних дел Министерству юстиции. Для этого созданная постановлением правительства межведомственная комиссия разработала пакет необходимых для передачи пенитенциарной системы нормативных правовых актов.
В основном для передачи УИС в гражданское ведомство были разделены функции уголовного преследования и исполнения уголовных наказаний. Целью также было избрано повышение правовой защищенности осужденных; более полная реализация их прав и законных интересов; имплементация в национальное законодательство международных норм и стандартов обращения с заключенными; демилитаризация уголовно-исполнительной системы.
В составе Минюста комитет уголовно-исполнительной системы был создан постановлением правительства в декабре 2001 года. Предполагалось, что гражданское ведомство, не связанное с решением задач борьбы с преступностью, ведомство, ответственное за формирование национального законодательства, обеспечит реализацию госполитики, направленную на гуманизацию системы исполнения наказаний. Передача КУИС в систему Минюста шла два года.
Однако со временем оказалось, что «гуманизация» привела к беспределу. Так, в июне 2010 года произошел массовый побег заключенных. Сбежали более 20 осужденных. Как выяснило следствие, оружие на территорию колонии строгого режима они завезли в холодильнике, а администрация за эту услугу попросила вознаграждение в 10 000 тг. Когда дело раскрыли, руководитель колонии получил 5 лет лишения свободы, его заместители — сроки поменьше.
В июле 2011 года в Балхаше группа заключенных учреждении АК-159/21 попыталась совершить побег. Вооруженные холодным и огнестрельным оружием осужденные напали на часового. В результате двое сотрудников УИС получили ножевые ранения, четверо — огнестрельные. Один из них скончался по дороге в больницу. Затем преступники укрылись в промышленной зоне колонии, штурм которой производил спецназ ДВД «Арлан». После этого они совершили самоподрыв, как утверждали в КУИС, с помощью кислородного баллона.
Позднее выяснилось, что к отправке оружия и боеприпасов причастен один из сидельцев этой же колонии, вышедший на свободу за два месяца до ЧП. Освободившись из зоны, он устроился на предприятие, поставлявшее в исправительное учреждение стройматериалы.
Тем же летом под надзором органов прокуратуры Акмолинской области проводились плановые профилактические мероприятия, направленные на выявление, предупреждение и пресечение правонарушений осужденными. Были изъяты: 137 мобильных телефонов, 64 SIM-карты, более 10 литров спиртных напитков, более 65 тысяч тг и множество колюще-режущих предметов.
Как комментировали в КУИС, «изучение телефонных звонков и смс-сообщений, сделанных осужденными с изъятых у них мобильных телефонов сим-карт, показало их тесную связь с отдельными лицами, именующими себя правозащитниками. Многие заключенные не скрывали сотовых, свободно общались с родными, друзьями и прочими лицами, что само по себе шло вразрез с понятием «ограничение свободы».
За шесть месяцев 2011 года родные заключенных пытались передать сидельцам почти 2 млрд тг. Были пресечены попытки передачи осужденным около 62 килограммов наркотических веществ (годом ранее было изъято всего 13 кг), в том числе около 600 г героина, около 900 г гашиша, 60 кг марихуаны.
Стало понятно, что Минюст не справляется с обеспечением порядка в колониях. Было принято решение вернуть колонии под «присмотр» МВД.
Незадолго до принятия этого решения в среде правозащитников появляется новый активист ―
Вадим Курамшин. Его деятельность в интересах осужденных была обычной легендой, фактически он отрабатывал указания криминальных авторитетов, которые не могли допустить, чтобы зоны снова стали «красными» — когда за порядок в них отвечает не криминал, а администрация.