Письмо подписали 22 руководителя компаний, в том числе президент компании «Астана Моторс» Нурлан Смагулов, председатель правления «Казкоммерцбанка» Нуржан Суханбердин, экс-министр финансов Зейнулла Какимжанов и Арманжан Байтасов, возглавлявший тогда холдинг «Нур-Медиа».
12 марта 2010 года суд в Астане приговорил Мухтара Джакишева к 14 годам лишения свободы в колонии строгого режима и запретил ему занимать государственные должности в течение 7 лет после освобождения. Он был признан виновным в хищении вверенного ему имущества на сумму почти 112 млн тг (более $750 тыс.) и получении взятки в размере 790 млн тг ($5 млн).
На текст приговора по делу бывшего главы национальной атомной компании Казахстана был наложен гриф секретности.
В том же году на экс-главу «Казатомпрома» завели еще одно уголовное дело по обвинению в мошенничестве в крупном размере. В 2012 году его признали виновным и приговорили к 10 годам колонии. Джакишев отказался участвовать во втором судебном процессе и запретил это делать своим адвокатам. В конечном счете, по совокупности наказаний столичный суд определил ему 14 лет лишения свободы с момента ареста.
Учитывая засекреченность уголовного дела Джакишева, общественность долгое время не знала его деталей. Со временем стала просачиваться информация о том, каким образом Мухтар Джакишев нагрел руки на атомной отрасли страны.
В 2002 году Джакишев вместе со своим другом и замом Рустемом Турсунбаевым создали несколько коммерческих предприятий: ТОО «Химимпекс», M. ULTY, «Реагентснаб», «Полихимпродукт», «Химпромресурс», «Бипласт», «Поликон», «НПП Поиск-М», «Ескендір», S&G, «Арагон К.А.». Регистрировали их в основном в Алматы. Были и зарубежные, включая офшорные, фирмы: STN Assistance LLC (США, Орегон), Brandmax alliance LLP (Лондон, Великобритания), Marifille Inc. (BVI, Тортолла), Barcon group Limited (BVI), Powerwill Enterprises (КНР, Гонконг).
В 2003 году к «деятельности» Джакишева присоединился Мухтар Аблязов. В свой «бизнес» они вовлекли еще одного бывшего однокурсника — гражданина Австралии Чарышкина. Он был назначен директором зарубежных компаний New Power Systems Ltd (Великобритания), Jeffcott Group Ltd (BVI) и UrAsia London Ltd (BVI) и одновременно акционером для обеспечения видимости легального иностранного участия.
Аблязов в свою очередь открыл в Казахстане несколько фирм. Так, в августе 2003 года появилось ТОО «Казахстанская инвестиционная группа «Астана» (КИГ), формальным учредителем которого стал младший брат его супруги Алмы Шалабаевой Сырым Шалабаев.
В декабре 2003 года КИГ обратилась с письмом к руководству страны с просьбой поддержать план по инвестированию частного казахстанского капитала в уранодобывающую отрасль страны и разрешить создание совместного предприятия, где 30% будет за НАК «Казатомпром», а 70% — за КИГ с передачей этому СП наиболее перспективных и рентабельных месторождений Акдала и Южный Инкай, которые на тот момент находились только в стадии разведки.
В феврале того же года Аблязов от имени Раушан Кыздарбековой учредил ТОО «Совместное предприятие «Бетпак Дала» с 30% участием «Казатомпрома», которое получило право недропользования сначала на урановое месторождение Акдала, а затем и Южный Инкай. Генеральным директором этого СП Аблязов поставил еще одного бывшего однокурсника и друга Рифата Ризоева.
Для создания видимости платежеспособности и состоятельности КИГ перед правительством Аблязов и Джакишев реализовали многоходовую комбинацию. В июне 2004 года Аблязов инициировал общее собрание участников СП «Бетпак Дала», в ходе которого было принято решение об увеличении уставного капитала до 556 млн тг (около $ 4 млн по курсу на 2004 год). В тот же день нацкомпания внесла в СП свою 30% долю в виде 600 тонн готового к выемке урана, 500 из них они реализовали американской компании Nukem через подконтрольную Джакишеву фирму New Power Systems Ltd (NPSL).
Полученная NPSL разница от продажи была перечислена через офшорную компанию Аблязова Deanco Limited (была зарегистрирована на Кипре) на счет КИГ, которая, в свою очередь, перечислила эти деньги в СП «Бетпак Дала» в качестве доли за увеличение уставного капитала.
Готовясь к реализации месторождения, Аблязов продал за номинальную цену 70% долю участия КИГ в СП «Бетпак Дала» все той же офшорной Deanco Limited. Собственником этой компании являлась другая офшорная компания — Widley Worldwide Limited, единственным акционером которой был сам Аблязов.
И это — лишь один из эпизодов в деле Джакишева. Но, казалось, правозащитники и представители казахстанской оппозиции ни в какую не хотели признавать криминальную составляющую в биографии Джакишева. В один голос они стали заявлять, что приговор бывшему главному атомщику страны — исключительно политический. Правда, никто из них не уточнил, что политикой Мухтар Джакишев никогда не занимался. Но у защитников осужденного нашелся веский довод в пользу своих заявлений.
В 2003 году Джакишев в составе группы бизнесменов и топ-чиновников просил президента помиловать Мухтара Аблязова, который «расплачивался» за свои коррупционные преступления в KEGOC, поручившись, что тот более не нарушит казахстанских законов. Аблязов в итоге был помилован. Однако в 2009 году он бежал из Казахстана с похищенными из «БТА Банка» миллиардами долларов.
Именно это обстоятельство, по мнению правозащитников, и стало основой уголовного дела против Джакишева. Образ «политической жертвы» бывшего главы «Казатомпрома» тщательно создавался на страницах аблязовской «Республики» и других подконтрольных ему СМИ. Про четверых заместителей Джакишева, которые дали свидетельские показания против бывшего шефа, писали, что всех и зверски мучили и пытали в застенках КНБ.
Малхаз Цоцория, Дмитрий Парфенов, Аскар Касабеков и Ешмурат Пирматов в итоге выступили на публике, поведав о том, что находятся под программой защиты свидетелей и никакому давлению властей не подвергаются.
Мухтар Джакишев трижды подавал ходатайство об УДО. В двух первых случаях суд отказывал осужденному. И лишь 3 марта 2020 года председатель суда № 2 Семея Жанат Абенова удовлетворила ходатайство Джакишева. В результате экс-глава «Казатомпрома», отбывавший наказание в учреждении ОВ 156−14, вышел на свободу на три года и два месяца раньше срока.