В 1998 году Нурсултан Назарбаев «омолодил» состав правительства. Ораз Жандосов занял пост первого вице-премьера, Сауат Мынбаев — министра финансов, Берик Имашев — председателя Агентства по поддержке малого бизнеса и помощника президента, Нурлан Каппаров — главы «Казахойла». Мухтар Аблязов стал министром энергетики.
В мае 1999 года президент объявил Аблязову выговор за ослабление контроля над деятельностью министерства и других подведомственных органов и неоднократные случаи несвоевременного исполнения поручений президента.
В августе 1999 года на имя президента Казахстана Нурсултана Назарбаева поступило обращение, подписанное заместителем председателя правления РАО «ЕЭС» Валентином Завадниковым. Российский чиновник сообщил, что переговоры по созданию совместного предприятия на базе Экибастузской ГРЭС-2 и урегулированию проблемы долгов Казахстана перед РФ искусственно затягиваются по вине казахстанских чиновников. Также Завадников рассказал, что эти чиновники имеют личную заинтересованность в нужном для них решении проблемы долгов.
Переговоры между Казахстаном и Россией по поводу Экибастузской ГРЭС-2 начались после визита в Казахстан главы РАО «ЕЭС России» Анатолия Чубайса. Его приезд должен был расставить точки над «i» в проблеме долгов, которые РК накопила с 1994 по 1996 годы за приобретение российской электроэнергии. В ходе переговоров казахстанская сторона в качестве долга признала сумму в $ 239 млн.
Необходимой суммы в бюджете не оказалось, и стороны договорились, что россиянам переходит доля в новом энергетическом СП. В него должны были войти Экибастузская ГРЭС-2 и линия электропередачи ВЭЛ-500 Экибастуз-Омск. Также предполагалось, что СП в дальнейшем сможет экспортировать казахстанскую электроэнергию в Россию.
Первый протокол о создании СП был подписан в ноябре 1998 года Анатолием Чубайсом и министром энергетики, индустрии и торговли Казахстана Мухтаром Аблязовым. Согласно документу, доля РК в предприятии составляла не менее 25% + 1 акция. Оставалось только провести оценку всего имущества предприятия.
В письме Назарбаеву Завадников сообщал, что однажды ему поступило предложение от «г-на А. К. Наурызбаева, высказанное им от имени министра энергетики, индустрии и торговли РК г-на М. К. Аблязова». Оно выдвигалось в качестве условия подписания протокола между председателем правления РАО «ЕЭС России» А. Б. Чубайсом и заместителем премьер-министра — министром иностранных дел РК Токаевым во время визита последнего в Москву.
Механизм реализации такой заинтересованности заключался в занижении оценочной стоимости имущества Экибастузской ГРЭС-2 и высоковольтной линии ВЛ-500 и внесении ее в уставный капитал СП в обмен на долю в нем неких дополнительных учредителей-должников РАО «ЕЭС» на сумму дебиторской задолженности в размере около $ 130 млн. При этом реализация этого предложения наносила ущерб бюджету Казахстана в целом в объеме от $ 280 до $ 430 млн.
Осенью 1999 года Аблязов был отстранен от переговорного процесса и покинул кресло министра. Он вернулся в бизнес. В октябре в отношении Аблязова было возбуждено уголовное дело по ст. 307 ч. 3 УК РК «Злоупотребление должностными полномочиями». 26 декабря 1999 года второе уголовное дело по ст. 177, ч. 3 УК РК «Мошенничество», 26 июня 2000 года — третье, по ст. 325, ч. 2 УК РК «Подделка, изготовление или сбыт поддельных документов, штампов, печатей, бланков, государственных наград группой лиц по предварительному сговору».
В ноябре 2001 года Галымжан Жакиянов, Толен Тохтасынов, Мухтар Аблязов,
Булат Абилов, Ержан Татишев, Нуржан Субханбердин, Ораз Жандосов, Жаннат Ертлесова, Кайрат Келимбетов и Алихан Байменов объявили о создании общественного движения «Демократический выбор Казахстана». Чуть позже в отношении Аблязова появилось еще одно уголовное дело — за незаконную предпринимательскую деятельность.
В июле 2002 года Верховный суд Казахстана приговорил бывшего министра энергетики Мухтара Аблязова к шести годам лишения свободы в исправительной колонии общего режима, а также лишил права два года занимать государственную должность. Суд установил, что Аблязов нанес ущерб госпредприятию ОАО «KEGOC» на сумму 557 млн 665 тыс. тг.
В апреле 2003 года Мухтар Аблязов подал прошение на имя Нурсултана Назарбаева о помиловании.
13 мая президент Казахстана подписал указ о помиловании ряда лиц, подавших соответствующее прошение, среди которых был назван и Мухтар Аблязов. Оказавшись на свободе, Аблязов рассчитывал вернуться в бизнес, а именно — возглавить «БТА Банка».