В январе 2003 года в Карасайском районе Алматинской области судья районного суда Бахытжан Шошикбаев приговорил Сергея Дуванова к трем с половиной годам заключения в колонии общего режима. Государственный обвинитель запросил для обвиняемого 7 лет лишения свободы.
По материалам следствия,
27 октября 2002 года журналист принимал у себя на даче гостей, среди которых была и 14-летняя девушка Кристина. Она оказалась соседкой Дуванова, переехавшей недавно вместе со своими родителями на постоянное место жительства в поселок «Кайнар», где расположена дача журналиста.
Отец Кристины был нанят Дувановым для ремонта его дачи. Девушку Дуванов попросил помочь прибрать в доме, после чего пригласил в баню. Закончилось все совместным распитием алкоголя.
Утром следующего дня, около 6 часов, в дежурную часть Карасайского РУВД Алматинской области поступило заявление от гражданки Сай Ирины Николаевны о факте изнасилования ее несовершеннолетней дочери подозреваемым в этом гражданином Дувановым.
По данному уголовному делу было проведено 18 экспертиз, которые на 99,99% доказали виновность осужденного.
Судебный процесс длился 22 дня. Суд был официально объявлен закрытым, так как на нем рассматривалось дело об изнасиловании. Однако на процесс в качестве наблюдателей были допущены несколько иностранных граждан, в том числе пресс-атташе посольства США в Казахстане, представитель
ОБСЕ и профессор права из Великобритании.
29 декабря 2003 года в соответствии с казахстанским уголовно-исполнительным законодательством Сергей Дуванов после отбытия ⅓ срока решением Капчагайского суда был переведен на режим колонии-поселения и в тот же день переведен из колонии общего режима в п. Заречный Алматинской области в колонию-поселение в Алматы.
14 января 2004 года было принято решение о том, что Дуванов может проживать дома и приступить к работе в Бюро по правам человека.
15 января утром Дуванов вышел на работу в бюро, однако, уже после обеда он был вызван в колонию-поселение, где ему сообщили, что приказ о его проживании дома и работе в бюро отменен, и он должен находиться в колонии-поселении. Ему были выданы постельные принадлежности и выделено место. После новых переговоров заместителя директора КМБПЧ Жемис Турмагамбетовой с руководством министерства юстиции, в ведении которого находилась уголовно-исполнительная система, через два часа Дуванов вновь был отпущен.
В сентябре 2009 года Алматинский административный специализированный межрайонный суд признал вину Сергея Дуванова в организации несанкционированной акции протеста. Два журналиста: Сергей Дуванов и Рыспек Сарсенбайулы — выразили свое несогласие по поводу приговора ранее осужденного правозащитника Евгения Жовтиса. Оба участника акции были одеты в майки с надписью «Сегодня — Жовтис, завтра — вы».
3 сентября Балхашский районный суд Алматинской области признал виновным директора Казахстанского бюро по правам человека и соблюдению законности Жовтиса в совершении ДТП, повлекшего смерть человека.
По решению суда, правозащитник был приговорен к четырем годам лишения свободы в колонии-поселении. Дорожное происшествие произошло 26 июля близ поселка Акдала Алматинской области. На месте происшествия скончался 35-летний мужчина.
В ноябре 2016 года Сергей Дуванов провел в Алматы одиночную акцию «против культа личности». Он около пяти минут простоял у монумента Независимости на площади Республики, держа в руках плакат с надписью: «Нет культу личности в Казахстане». Затем Дуванов свернул плакат и покинул площадь.