Чуть позже на священника поступила жалоба в департамент по делам религий. Районный прокурор просил рассмотреть вопрос «о привлечении к административной ответственности руководителя приюта» за якобы допущенное нарушение правил, касающихся проведения религиозных обрядов. Департамент ничего крамольного в действиях отца Софрония не нашел.
Вслед за этим священника с российским паспортом попытались выдворить из страны. Попытку предприняла местная миграционная полиция, обратившаяся с соответствующим иском в суд. Отца Софрония обвинили в том, что он, не имея якобы вида на жительство в Казахстане, допускал различные административные правонарушения. Обвинения представитель полиции пытался подкрепить ссылками на штрафы, наложенные на приют налоговой инспекцией и санитарно-эпидемиологической службой.
Защита священника на суде сочла претензии необоснованными. По словам его адвоката, Петр Евтихеев постоянно проживал на территории Казахстана на основании вида на жительство, и органам внутренних дел это известно. Сам отец Софроний отметил, что, будучи прописанным в Казахстане, выезжал по служебным делам за границу, но никаких претензий со стороны пограничников не слышал. По словам россиянина, он своевременно подал документы на продление вида на жительство, но власти запрос отклонили — якобы из-за того, что он «опасен для Казахстана». Что касается штрафов, то их, как пояснил адвокат, выписывали приюту как юридическому лицу, а не лично его руководителю.
В июле Илийский районный суд Алматинской области, рассмотрев иск полиции, решил его удовлетворить. Священник, по решению суда, должен был покинуть страну в течение десяти дней. Впрочем, до депортации дело не дошло. Основатель приюта подал апелляцию, и его выдворение было приостановлено. В поддержку отца Софрония тогда выступили представители общественности, христианские организации, а также «Союз мусульман Казахстана». В октябре областной суд, рассмотрев решение первой инстанции, согласился его отменить.
Однако на этом история не закончилась: с очередным иском выступил районный отдел образования. Чиновники потребовали, чтобы все дети, содержащиеся в приюте, были оттуда изъяты. Организаторов приюта (формально иск был адресован фонду «Радонеж») обвинили в том, что «воспитанники находятся без соответствующего решения местного исполнительного органа». В вину администрации заведения также поставили прием детей без документов, а кроме того — «непринятие мер по приостановлению выплаты пособий родителям, чьи дети находятся в приюте». Отца Софрония ранее лишили опеки над несколькими десятками воспитанников.
СМИ писали, что в ситуации, когда миграционные власти пытались выдворить священника из Казахстана, церковь его поддержала. Алматинская епархия тогда обратилась в суд с просьбой не выдворять его из страны и заявила, что «деятельность игумена Софрония (Евтихеева) неразрывно связана с благотворительностью, милосердием и бескорыстным служением людям». Управляющий делами Православной церкви Казахстана, епископ Каскеленский Геннадий отмечал, что эта история вызывает озабоченность в обществе.
В то же время церковь сама способствовала тому, чтобы отец Софроний покинул приют. Еще весной стало известно, что решением митрополита Александра он (Софроний) был «освобожден от осуществления воспитательных функций в приюте». Несмотря на это, священник продолжал руководить работой заведения. Затем стало известно, что его решили перевести в другую епархию.
Как рассказывал юрист фонда «Радонеж» Юрий Юрин, в приют приехала целая делегация на шести машинах — во главе с митрополитом Александром. Разговор с отцом Софронием, по данным СМИ, проходил на повышенных тонах. Священника якобы обвинили в том, что он «все развалил», тот в ответ, вспылив, заявил, что готов уехать в Россию. Тем временем, по словам юриста, производилась «выемка печатей и бухгалтерской документации».
Юрин отметил, что «к атаке церкви мы оказались не готовы». На вопрос журналиста о том, какую цель преследуют эти нападки, юрист ответил: «Пройдет время, и все станет ясно. Поглядим, какие коттеджи возникнут на земле приюта».