Сол жылы «Қазатомөнеркәсіп» бұрынғы басшысына ірі көлемдегі алаяқтық жасады деген айыппен тағы бір қылмыстық іс қозғалды. 2012 жылы ол кінәлі деп танылып, 10 жылға бас бостандығынан айырылды.
Жәкішев екінші сот процесіне қатысудан бас тартып, оны өз адвокаттарына жасауға тыйым салды. Сайып келгенде, жазалардың жиынтығы бойынша елордалық сот оған қамауға алынған сәттен бастап 14 жылға бас бостандығынан айыруға үкім шығарды.
Жәкішевтің қылмыстық ісінің құпия болуын ескере отырып, жұртшылық ұзақ уақыт бойы оның егжей-тегжейін білмеді. Уақыт өте келе Мұхтар Жәкішевтің еліміздің атом саласында қандай жолмен байығаны туралы ақпарат тарала бастады.
2002 жылы Жәкішев өзінің досы әрі орынбасары Рүстем Тұрсынбаевпен бірге бірнеше коммерциялық кәсіпорын
құрды: «Химимпекс», M. ULTY, «Реагентснаб», «Полихимп продукт», «Химпромресурс», «Бипласт», «Поликон», «НПП Поиск-М», «Ескендір», S&G, «Арагон К. А. ЖШС».
Оларды негізінен Алматыда тіркеді. Шетелдік, соның ішінде офшорлық фирмалар да болды: STN Assistance LLC (АҚШ, Орегон), Brandmax alliance LLP (Лондон, Ұлыбритания), Marifille Inc. (BVI, Тортолла), Barcon group Limited (BVI), Powerwill Enterprises (ҚХР, Гонконг).
2003 жылы Жәкішевтің «ісіне» Мұхтар Әблязов қосылды. Олар өз «бизнесіне" тағы бір бұрынғы сыныптасы — Аустралия азаматы Чарышкинді тартты. Ол New Power Systems Ltd (Ұлыбритания), Jeffcott Group Ltd (BVI) және UrAsia London Ltd (BVI) шетелдік компаниялардың директоры болып тағайындалды және сонымен бірге заң жүзінде шетелдік қатысуды қамтамасыз ету үшін акционер болды.
Әблязов өз кезегінде Қазақстанда бірнеше фирма ашты. Осылайша, 2003 жылдың тамызында «Астана» Қазақстандық инвестициялық тобы» ЖШС (бұдан әрі — ҚИТ) пайда болды, оның ресми құрылтайшысы жұбайы Алма Шалабаеваның інісі Сырым Шалабаев болды.
2003 жылғы желтоқсанда ҚИТ ел басшылығына елдің уран өндіру саласына жеке қазақстандық капиталды инвестициялау бойынша жоспарды қолдау және бірлескен кәсіпорын құруға рұқсат беру туралы өтінішпен жүгінді, онда 30%-ы «Қазатомөнеркәсіп» ҰАК-қа тиесілі, ал 70%-ы сол кездің өзінде барлау сатысында тұрған Ақдала мен Оңтүстік Инкайдың неғұрлым перспективалы және құнды кен орындарын осы ҚИТ-ке беру ұсынылды.
Сол жылдың ақпан айында Әблязов Раушан Қыздарбекованың атынан «Қазатомөнеркәсіптің» 30% қатысуымен «Бетпақ Дала» бірлескен кәсіпорны» ЖШС құрды, ол алдымен Ақдала уран кен орнына, содан кейін Оңтүстік Инкайға жер қойнауын пайдалану құқығын алды. Осы БК бас директоры Әблязов тағы бір бұрынғы сыныптасы және досы Рифат Ризоевті қойды.
Төлем қабілеттілігі болмаса да, бардай көрсету үшін ҚИТ Үкімет алдында Әблязов пен Жәкішев көп жүрісті комбинацияны қолданды.
2004 жылдың маусым айында Әблязов «Бетпақ Дала» БК қатысушыларының жалпы жиналысын ұйымдастырды, оның барысында жарғылық капиталды 556 млн тг дейін (2004 жылғы бағам бойынша шамамен $4 млн) ұлғайтуға шешім қабылданды. Сол күні Ұлттық компания БК-ға 600 тонна дайын уран түріндегі өзінің 30% үлесін қосты, олардың 500-ін олар америкалық Nukem компаниясына New Power Systems Ltd (NPSL) Жәкішевтің бақылауындағы фирмасы арқылы сатты.
Сатудан алынған NPSL айырмасы Әблязовтің Deanco Limited офшорлық компаниясы арқылы ҚИТ шотына аударылды (Кипрде тіркелген), ол өз кезегінде бұл ақшаны «Бетпақ Дала» БК-ға жарғылық капиталды ұлғайту үшін үлес ретінде аударды.Кен орнын сатуға дайындала отырып, Әблязов «Бетпақ Дала» БК-дағы ҚИТ-тің сол офшорлық Deanco Limited қатысу үлесін номиналды бағаға 70%-ға сатты. Бұл компанияның меншік иесі басқа офшорлық компания — Widley Worldwide Limited болды, оның жалғыз акционері Әблязовтің өзі болды.